Żydowski Instytut Historyczny jako instytucja utrzymująca kontakty z diasporą żydowską na świecie i naukowcami zagranicznymi stał się przedmiotem zainteresowania SB na początku lat sześćdziesiątych. Początkowo przedmiotem rozpracowania był dyrektor ŻIH prof. Bernard Mark i jego zastępca Adam Rutkowski. Stwierdzono bowiem, że utrzymują oni liczne kontakty z cudzoziemcami i przekazują informacje szkodzące Polsce Ludowej. 13 października 1962 r. została zarejestrowana sprawa obiektowa krypt. „Kodak”, w ramach której kontrwywiad SB (Wydział V Departamentu II MSW) prowadził inwigilację ŻIH. Oprócz werbunku agentury, głównie spośród technicznych pracowników ŻIH, wobec Instytutu i jego pracowników stosowano środki techniki operacyjnej, w tym podsłuch pokojowy, podsłuch telefoniczny i kontrolę korespondencji. Przeprowadzono także kilka tajnych wejść na teren Instytutu i fotografowania dokumentów. Wszystkie te działania doprowadziły do sformułowania w 1965 r. przez prowadzącego sprawę oficera SB propozycji oskarżenia kierownictwa Instytutu o nieprawidłowości w wynagradzaniu pracowników, by następnie doprowadzić do jego kompromitacji i wymiany personelu naukowego ŻIH na osoby narodowości żydowskiej lojalne wobec władz. Do realizacji tych planów nie doszło, a prowadzenie inwigilacji ŻIH przejął w 1965 r. zajmujący się zwalczaniem opozycji Wydział III Departamentu III MSW. Stan zachowanych materiałów operacyjnych nie pozwala na szczegółowe zbadanie inwigilacji ŻIH w okresie lat 1967–1968. Nie przyniosło ono jednak dużych rezultatów. Paradoksem jest, że szerszą wiedzę o sytuacji ŻIH SB uzyskała po zainteresowaniu się działalnością Instytutu przez instytucje państwowe, zwłaszcza Najwyższą Izbę Kontroli, począwszy od jesieni 1967 r. W obecnym stanie badań wpływ SB na działania tych instytucji oraz politykę władz PRL wobec ŻIH jest trudny do ustalenia, ale inspiracja ze strony SB działań mających na celu likwidację ŻIH, do jakich doszło w 1968 r., wydaje się bardzo prawdopodobna. Jednak ostateczne decyzje w sprawie ŻIH zapadły w łonie KC PZPR i nie były zgodne z intencjami funkcjonariuszy SB, zmierzały bowiem do ustabilizowania sytuacji w Instytucie w celu uspokojenia zachodniej opinii publicznej.